El colegio san Bartolomé la merced desde su apertura en el año de 1941, ya antecedía  una pequeña biblioteca al servicio de los alumnos. La Biblioteca se traslado el 17 de Febrero de 1978 gracias a la iniciativa del padre  Donaldo Ortiz, SJ en la parte superior de la antigua iglesia La Estrada. En esta estructura de la  iglesia es el lugar donde se encuentra ubicada la Biblioteca General actualmente.

Antigua Iglesia de La Estrada donde ahora funciona la Biblioteca San Pedro Claver,S.J.

A partir del año 2005 se inicio un plan de reinauguración de la biblioteca, tomando el nombre de biblioteca San Pedro Claver S J. Este nuevo plan constituía como objetivo principal,  convertir la biblioteca en un lugar armonioso y dinámico al abrir la colección a la comunidad, funcionando como un verdadero centro de recursos, de apoyo y espacio para fomentar la lectura, promoviendo la cultura.

Entre otros objetivos se contemplaba:

Colección abierta: las colecciones que dispone la biblioteca prestaran un servicio  de libre acceso para los usuarios, motivando aun mas la permanencia en este lugar especial del colegio.

Organizar la biblioteca: esta organización básicamente contempló; diseñar sitios estratégicos para prestar un servicio mas ágil  y eficiente, ubicando espacios mas adecuados para los lectores y grupos académicos. Estos espacios son adecuados para practicas de lectura, consulta en sala y actividades de extensión cultural como exhibiciones de arte entre otros.

Información: todos los servicios que presta la biblioteca hacen mención a una  cobertura general hacia la comunidad bartolina, brindando acceso a la información por medio de  búsquedas en el catalogo en línea, además prestando servicios de reprografía de documentos e impresiones, acceso a Internet, salas de proyecciones y formación de usuarios.